Putin w wielu przypadkach jest obiektem krytyki działaczy i organizacji na obiekt praw człowieka, głównie na rezultat na jego politykę względem Czeczenii. Zarzucają oni, że strategia ta doprowadziła w tamtym regionie aż do katastrofy humanitarnej, i prawa człowieka są tam częstokroć łamane zbytnio całkowitym przyzwoleniem najwyższych czynników państwowych (obozy filtracyjne w Czeczenii). Krytycy Putina zarzucają mu, że swoimi działaniami doprowadził aż do eskalacji konfliktu na niespotykaną skalę i wzrostu zagrożenia terrorystycznego w samej Rosji. Putin działania w Czeczenii tłumaczy dążeniem aż do zachowania integralności terytorialnej Federacji Rosyjskiej oraz walką spośród międzynarodowym terroryzmem islamskim zmierzającym jego zdaniem aż do rozbicia Rosji. Obserwatorzy tymczasem zwracają uwagę na fakt, że istotne mogą stanowić dla Rosji znajdujące się w Czeczenii złoża ropy naftowej i gazu ziemnego. zbiegły aż do Wielkiej Brytanii podpułkownik FSB Aleksander Litwinienko (zm. w 2006) twierdził, że FSB po objęciu przez Putina funkcji premiera w 1999 na jego przepis przeprowadziła serię zamachów bombowych na bloki mieszkalne w Moskwie i Wołgodońsku. Hipotezę tę popiera także przebywający na emigracji Borys Bieriezowski. Obarczanie Czeczenów odpowiedzialnością zbytnio zamachy oraz rajd czeczeńskiego oddziału, którego dowódcą był Szamil Basajew, na Dagestan pod hasłami zbudowania na Kaukazie islamskiego kalifatu stanowiły casus belli i posłużyły aż do rozpoczęcia nowej wojny w Czeczenii. Zwolennicy prezydenta chwalą go jednak, że swoimi działaniami doprowadził aż do stabilizacji sytuacji politycznej w Czeczenii.